6翻了!安諾轉錄組合作文章9連發
2019.06.12

近期,安諾基因不斷收到多位合作客戶文章見刊的喜訊!轉錄組累計發文9篇,發表期刊涵蓋Nature GeneticsScience AdvancesBrain等高水平學術期刊,總影響因子72.778,平均影響因子高達8.09。科研成果的產出,是對老師們科研工作的認可,也是對安諾基因認真、專業的服務態度的褒獎。安諾基因轉錄組科研團隊將繼續用專業的分析服務回饋廣大科研合作伙伴!

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注:上表格文章按發文時間先后排序

以下是小編選取的5篇文章和大家進行分享,讓小伙伴們更深入地了解RNA-seq測序技術的應用。


文章一


A transcriptomic regulatory network among miRNAs, piRNAs, circRNAs, lncRNAs and mRNAs regulates microcystin-leucine arginine (MC-LR)-induced male reproductive toxicity

發表期刊:Science of the Total Environment

合作單位:南京大學

IF:4.61


研究總結


前期研究表明,微囊藻毒素-亮氨酸精氨酸(MC-LR)引起的急性和慢性生殖毒性都可導致雄性小鼠精子質量下降和睪丸結構受損。文章采用全轉錄組測序技術深入探討慢性低劑量MC-LR處理對小鼠睪丸組織中RNA網絡調控的影響。


用低劑量MC-LR處理的小鼠睪丸組織和對照組分別進行全轉錄組測序分析(由安諾基因完成),鑒定出1,091個mRNA,21個miRNA,644個piRNA,278個circRNA和324個lncRNA在用MC-LR處理的睪丸組織中表達量顯著改變。之后通過GO富集分析,確定差異表達基因的生物學功能;最終構建一個競爭性內源RNA(ceRNA)網絡調控關系,并利用MiRanda預測表達變化的RNA功能。研究發現miRNAs、piRNAs、circRNAs、lncRNAs和mRNAs的潛在網絡調控對睪丸組織中MC-LR的細胞毒性具有重要影響,為MC-LR誘導的男性生殖毒性的診斷和治療策略的發展提供了新視角。

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圖1 MC-LR誘導后差異表達基因ceRNA調控網絡圖[1]


文章二


Identification of circular RNAs in the immature and mature rat anterior pituitary

發表期刊Journal of Endocrinology

合作單位:吉林大學

IF:4.012


研究總結


本研究利用circRNA測序技術(由安諾基因完成)在未成熟(D15)和成熟(D120)大鼠垂體前葉中鑒定出4,123個circRNA,發現32個circRNA在兩組間差異表達,并進行了功能富集分析。隨機選擇8個高表達circRNA進行qPCR表達水平驗證。另外,在53個circRNA和57個miRNA之間預測到90個相互作用關系。研究發現,circ_0000964和 circ_0001303可能是作為miRNA海綿體調控Fshb基因。circRNA在未成熟和成熟大鼠垂體前葉中的表達譜可為circRNA在哺乳動物發育和繁殖中的作用研究提供更多的參考信息。

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圖2 成熟和未成熟大鼠垂體前葉中circRNA的表達模式分析結果[2]


文章三

Bach1 regulates self-renewal and impedes mesendodermal differentiation of human embryonic stem cells

發表期刊Science Advances

合作單位:復旦大學

IF: 11.511


研究總結


本研究采用轉錄組測序(由安諾基因完成)等技術發現Bach1在維持人胚胎干細胞自我更新中發揮著重要的作用,Bach1蛋白可以和多能性因子Nanog、Sox2和Oct4相互作用,并通過招募去泛素化酶USP7維持多能性因子的蛋白質穩定性。在人胚胎干細胞中敲除Bach1基因可促進干細胞向中胚層和內胚層分化,促進心血管前體細胞的分化。


研究首次證實Bach1蛋白在組蛋白甲基化修飾方面發揮著獨特的作用,是一種新的表觀遺傳調控因子。Bach1是干細胞維持自我更新和決定譜系分化中的關鍵調控因子,在中胚層和心血管早期分化過程中起重要作用,有可能成為干細胞治療心血管疾病的新靶標。


Bach1是多梳蛋白抑制性復合體2(PRC2復合體)的一個新成員,調控組蛋白賴氨酸三甲基化(H3K27me3)的修飾,抑制中胚層和內胚層分化基因的轉錄。此外,Bach1還抑制Wnt/β-catenin 和Nodal/Smad2/3 信號通路,抑制人胚胎干細胞向中胚層和內胚層的分化。


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圖3 Bach1在維持hESC自我更新和抑制中內胚層分化中起重要作用模式圖[3]


文章四


Reactivation of nonsense-mediated mRNA decay protects against C9orf72 dipeptide-repeat neurotoxicity

發表期刊: Brain

合作單位:中國科學院上海生命科學研究院

IF:10.848


研究總結


最近研究表明RNA代謝失調與肌萎縮側索硬化的發病機制有關。文章借助轉錄組測序技術由安諾基因完成)分析發現C9orf72 六核苷酸重復序列可以抑制一條稱為無義介導的mRNA降解(NMD)通路。然后在細胞、果蠅、小鼠等實驗模型中運用多種方法對這一結論進行驗證,發現C9orf72雙肽重復序列可以抑制NMD(NMD是細胞中清除有害、錯誤RNA產物的一種監測及防御機制),因此,作者嘗試激活NMD通路來阻礙C9orf72重復序列的神經毒性并檢驗NMD作為藥物靶點的可能性。在細胞和果蠅模型中增加NMD通路的核心蛋白UPF1的表達可以有效阻礙C9orf72重復序列的神經毒性。此外,通過對一些潛在的NMD激活劑進行反復驗證,發現Tranilast有穩定的激活NMD通路的特征,并可以同樣對C9orf72重復序列的神經毒性起到保護作用。本研究結果將促進Tranilast及其他NMD激活劑作為治療ALS創新藥的動物實驗及臨床研究,為ALS患者帶來新的希望。

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圖4 NMD靶向基因在不同細胞中表達結果[7]


文章五


Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insights into structural variation and crop improvement

發表期刊: Nature Genetics

合作單位:華中農業大學

IF: 27.125


研究總結


該研究以熱帶小粒玉米品種(SK)為材料,組裝了高質量的熱帶玉米參考基因組,其大小為2.32 Gb, contig N50達到15.78 Mb,共注釋獲得了43,271個基因。進一步利用熱帶玉米SK基因組、溫帶玉米B73和Mo17基因組及521份玉米自交系的重測序數據,鑒定出了80,164個多態性結構變異,構建了玉米的結構變異圖譜,該研究為玉米重要農藝性狀相關基因的定位提供了重要參考。此外,該研究定位了一個同時控制粒型和粒重的數量遺傳位點qHKW1,克隆了ZmBAM1d基因(ZmBARELY ANY MERISTEM1d)。進一步研究發現,這個基因正向調控玉米粒重,且過表達和敲除這個基因對其它農藝性狀沒有影響(其中RNA-seq工作由安諾基因完成)

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圖5 過表達和敲除基因ZmBAM1d的植株中差異表達基因GO富集分析[9]

6翻了,安諾基因轉錄組合作文章小爆發,想要發高分文章的你猶豫什么呢,安諾基因擁有業內最全的測序平臺,轉錄組測序產品也不斷優化升級,歡迎感興趣的老師隨時咨詢。

參考文獻:

[1] Meng Xiannan, Peng Haoran, Ding Yuanzhen, et al. A transcriptomic regulatory network among miRNAs, piRNAs, circRNAs, lncRNAs and mRNAs regulates microcystin-leucine arginine (MC-LR)-induced male reproductive toxicity[J]. Sci. Total Environ., 2019, 667: 563-577.

[2] Han Dong-Xu, Wang Chang-Jiang, Sun Xu-Lei, et al. Identification of circular RNAs in the immature and mature rat anterior pituitary[J]. J. Endocrinol., 2019, 240: 393-402.

[3] Wei Xiangxiang, Guo Jieyu, Li Qinhan, et al. Bach1 regulates self-renewal and impedes mesendodermal differentiation of human embryonic stem cells[J]. Sci Adv, 2019, 5: eaau7887.

[4] Wang Rui, Xu Shengjun, Sun Haishu, et al. Complex regulatory network allows Myriophyllum aquaticum to thrive under high-concentration ammonia toxicity[J]. Sci Rep, 2019, 9: 4801.

[5] Duan Zhiqiang, Deng Shanshan, Ji Xinqin, et al. Nuclear localization of Newcastle disease virus matrix protein promotes virus replication by affecting viral RNA synthesis and transcription and inhibiting host cell transcription[J]. Vet. Res., 2019, 50: 22.

[6] Wang Rui, Xu Shengjun, Jiang Cancan, et al. Transcriptomic sequencing and co-expression network analysis on key genes and pathways regulating nitrogen use efficiency in [J]. Int J Mol Sci, 2019, 20: undefined.

[7] Xu Wangchao, Bao Puhua, Jiang Xin, et al. Reactivation of nonsense-mediated mRNA decay protects against C9orf72 dipeptide-repeat neurotoxicity[J]. Brain, 2019, undefined.

[8] Song Yongan, Ma Ting, Zhang Xueyan, et al. Apatinib preferentially inhibits PC9 gefitinib-resistant cancer cells by inducing cell cycle arrest and inhibiting VEGFR signaling pathway[J]. Cancer Cell International, 2019, 19:117.

[9] Yang Ning, Liu Jie, Gao Qiang, et al. Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insights into structural variation and crop improvement[J]. Nat. Genet., 2019, 51: 1052-1059.


文案:轉錄組產品經理 范如婷

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